Das Watt hat eine große ökologische Bedeutung. Es ist ein einzigartiges, amphibisches Biotopgefüge zwischen Festland und Meer. Doch der Einfluss des Menschen verändert die Lebenswelten aus Land und Wasser. Abgase verursachen einen Klimawandel. Der Eintrag von Düngemittel und anderen Nährstoffen führt zur verstärkten Algenbildung und verringert somit den Sauerstoffgehalt des Wassers. Abwassereinleitungen verschmutzen das Wasser, Touristen stören die Brutvögel. Dadurch wird das sensible Ökosystem erheblich strapaziert.
Mit dem Schutzstatus als Nationalparke und als Weltnaturerbe können direkte Eingriffe in den Lebensraum Wattenmeer zwar verhindert werden. Beeinträchtigungen zu reduzieren, die außerhalb entstehen und teilweise globalen Ursprung haben, bleiben eine Herausforderung für den Naturschutz.