Die Schifffahrtswege der Flüsse gehören wegen der wirtschaftlichen Nutzung nicht zum Schutzgebiet der drei deutschen Nationalparke Wattenmeer. Neben der Seeschifffahrt wird der Verkehrsraum auch von Fähren, Fischerei- und Sportfahrzeugen genutzt. Gefahren für die Umwelt entstehen durch illegale Einleitungen von Ölrückständen und bei Tankerunfällen.
Die Emissionen durch den Einsatz hoch schwefelhaltiger Schweröle in der Seeschifffahrt sind beträchtlich. Zum Schutz vor Belastungen wurde das an den Schifffahrtsrouten unmittelbar angrenzende Wattenmeer von der Internationalen Schifffahrtsorganisation IMO als „Besonders Empfindliches Meeresgebiet“ ausgewiesen. Auch die Einrichtung der Nordsee als Sondergebiet nach dem internationalen MARPOL-Umweltübereinkommen soll die Meeresverschmutzung durch Schiffe verhüten. Um mögliche Folgen bei Schiffsunfällen zu begrenzen, wird im Rahmen des Sicherheitskonzepts Deutsche Küste der Schifffahrtsverkehr rund um die Uhr überwacht. Insbesondere Tankerunfälle hätten verheerende Auswirkungen auf den Lebensraum Wattenmeer.